المقصود بالمسألة القبطية الأزمة المرتبطة بالتمييز الذي يتعرض له الأقباط في العصر الحديث، الذي تفرض قوانينه والمبادئ التي يستند عليها المساواة بين المواطنين بغض النظر عن الانتماء الديني؛ أي: أن جوهر المسألة يتعلق بالهوة بين الواقع وبين ما هو مفروض في ظل الحداثة.